Balai Kawasan Permukiman dan Perumahan (BKPP) secara organisasi bermula sebagai Balai Tata Ruang Bangunan dan Kawasan (BTRBK) yang berdiri berdasarkan Kimpraswil tahun 2001, kemudian pada tahun 2010 berubah menjadi Balai Perumahan dan Lingkungan (BPL), pada tahun 2016 berubah menjadi Balai Litbang Tata Bangunan dan Lingkungan (BLTBL), dan berdasarkan PermenPUPR Nomor 16 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat dibentuk sebagai Balai Kawasan Permukiman dan Perumahan (BKPP).

Meskipun secara resmi baru berdiri sejak tahun 2020, lingkup kerja tugas balai ini sudah ada sejak awal seiring dengan sejarah berdirinya Yayasan Lembaga Penyelidikan Masalah Bangunan (LPMB), Pusat Penelitian dan Pengembangan Perumahan dan Permukiman (Puskim), hingga saat ini menjadi Direktorat Bina Teknik Permukiman dan Perumahan (Dit.BTPP) di bawah Direktorat Jenderal Cipta Karya.

Balai Kawasan Permukiman dan Perumahan (BKPP) sempat menjadi hub untuk kesekretariatan Regional Center for Community Empowerment on Housing and Urban Development (RCCEHUD) Asia Pasifik dan Forum Arsitektur Tradisional Indonesia (Format Indonesia). Saat ini Balai Kawasan Permukiman dan Perumahan juga menjadi Kesekretariatan Nasional Habitat untuk mendukung pelaksanaan penyelenggaraan kegiatan New Urban Agenda (NUA) dan kegiatan Habitat Dunia.